Ο συχνότερος παράγοντας υπογονιμότητας είναι οι βλάβες των σαλπίγγων, που εμφανίζονται είτε σαν απόφραξη, είτε σαν δυσλειτουργία. Το κύριο αίτιο είναι ιστορικό φλεγμονών σαλπίγγων.
Η σοβαρή ενδομητρίωση αποτελεί άλλη μια νόσο που συμβάλλει στην υπογονιμότητα των γυναικών. Οι συμφύσεις που δημιουργεί στην περιοχή των έσω γεννητικών οργάνων παραμορφώνουν και εκτρέπουν τη φυσιολογική λειτουργία τους.
Ωστόσο, ακόμα και η ελαφριά μορφή της ενδομητρίωσης αποτρέπει την τεκνοποίηση μέσω πολλαπλών μηχανισμών, όπως δυσλειτουργία της ωοθυλακιορρηξίας, δυσλειτουργία στη μεταφορά σπερματοζωαρίων, ωαρίων ή εμβρύων στις σάλπιγγες έως και της εμφύτευσης στη μήτρα. Η λαπαροσκόπηση θα μας δώσει χρήσιμες πληροφορίες για το αν υφίσταται δυνατότητα χειρουργικής αποκατάστασης ή χρήζει εξωσωματικής γονιμοποίησης.
Σε πρώτη φάση, οι διαταραχές της ωοθυλακιορρηξίας αντιμετωπίζονται με φαρμακευτική αγωγή, αν όμως παρ' όλες τις προσπάθειες δεν έρχεται η κύηση, τότε η εξωσωματική γονιμοποίηση αποτελεί τη μόνη λύση, όταν ο χρόνος αναπαραγωγής εξαντλείται.
Ως υπογονιμότητα άγνωστης αιτιολογίας ορίζουμε την έλλειψη κύησης όταν ο βασικός έλεγχος δεν εντοπίζει κάποιο προφανές πρόβλημα στο γεννητικό σύστημα του ζευγαριού. Σε αυτές τις περιπτώσεις το πρόβλημα βρίσκεται στο μικρόκοσμο και η εξωσωματική γονιμοποίηση έχει τη δυνατότητα να το διαγνώσει ή και να το παρακάμψει. Επειδή ο χρόνος είναι η βασική συνιστώσα στη γονιμότητα, γυναίκες άνω των 40 ετών χρειάζονται άμεση αντιμετώπιση για να δώσουν λύση στο πρόβλημά τους, ενώ όλα μπορεί να δείχνουν φυσιολογικά.
Η ανοσολογικής βάσης υπογονιμότητα αποτελεί μια κρυφή αιτία υπογονιμότητας, η οποία όμως δεν έχει πλήρως αποσαφηνιστεί. Η εξωσωματική γονιμοποίηση παρακάμπτει πολλές φορές τα ανοσολογικά προβλήματα, προσφέροντας θεραπευτική και φαρμακευτική προστασία των εμβρύων.
Στην περίπτωση που η γυναίκα δεν παράγει ωάρια πλέον ή δεν έχει ωοθήκες, η εξωσωματική γονιμοποίηση προσφέρει λύση μέσω της δωρεάς ωαρίων από άλλη γυναίκα ηλικίας κάτω των 35 ετών. Αντίστοιχα, όταν επανειλημμένες σπερματεγχύσεις με δωρεά σπέρματος έχουν αποτύχει, τότε η εξωσωματική είναι η προσφορότερη λύση.
Σήμερα, με τις μεγάλες προόδους της κυτταρογενετικής, είναι εφικτή η βιοψία των εμβρύων, καθ' όσον η λήψη ενός μόνο κυττάρου από ένα έμβρυο οκτώ κυττάρων μας δίνει γενετικές πληροφορίες. Έτσι, μέσω της εξωσωματικής γονιμοποίησης, μπορεί να διαγνωστεί η χρωμοσωμική υγεία ενός εμβρύου, το φύλο του, ώστε να μην μεταφερθούν τα θηλυκά ή αρσενικά αν είναι φορείς φυλοσύνδετης νόσου, καθώς και οι χρωμοσωμικές μεταθέσεις.