Για το λόγο αυτό, παρακολουθείται στενά η ποιότητα των νερών των τεσσάρων ταμιευτήρων, Μαραθώνα, Υλίκης, Μόρνου και Ευήνου, όπως επίσης και η ποιότητα του πόσιμου νερού στο δίκτυο ύδρευσης, ώστε να γίνεται άμεσα αντιληπτό και να αντιμετωπίζεται έγκαιρα οποιοδήποτε πρόβλημα ενδεχομένως προκύψει.
Για τον έλεγχο της ποιότητας του νερού η ΕΥΔΑΠ διαθέτει εργαστήρια στο Γαλάτσι και τις Αχαρνές. Στα εργαστήρια αυτά αναλύονται δείγματα ακατέργαστου νερού από τις λίμνες-ταμιευτήρες, τις γεωτρήσεις της ΕΥΔΑΠ και δείγματα πόσιμου νερού από τις Μονάδες Επεξεργασίας Νερού της Εταιρείας και από το δίκτυο ύδρευσης. Τα αποτελέσματα των αναλύσεων πιστοποιούν ότι η ποιότητα του πόσιμου νερού της ΕΥΔΑΠ ανταποκρίνεται στις νομοθετικές απαιτήσεις της ΚΥΑ Υ2/2600/2001 «Ποιότητα του νερού ανθρώπινης κατανάλωσης» (όπως αυτή τροποποιήθηκε και ισχύει) και είναι σύμφωνη με τις απαιτήσεις της ΟΙΚ 46399/1352/1986 «Απαιτούμενη ποιότητα επιφανειακών νερών που προορίζονται για πόσιμα, κολύμβηση, διαβίωση ψαριών σε γλυκά νερά και καλλιέργεια οστρακοειδών».
Τα Χημικά Εργαστήρια Γαλατσίου και Αχαρνών, καθώς και το Μικροβιολογικό Εργαστήριο είναι διαπιστευμένα κατά ISO EN 17025 ήδη από το 2005, από το Εθνικό Σύστημα Διαπίστευσης (ΕΣΥΔ) για τη διενέργεια δοκιμών για τον προσδιορισμό 19 χημικών και 6 μικροβιολογικών παραμέτρων στο ανεπεξέργαστο και πόσιμο νερό (Αρ. Πιστοποιητικού 192).
Στα εργαστήρια της ΕΥΔΑΠ εφαρμόζονται οι πλέον σύγχρονες μέθοδοι χημικής ανάλυσης, προκειμένου να επιτυγχάνεται υψηλή ευαισθησία, ακρίβεια και επαναληψιμότητα κατά τον προσδιορισμό των στοιχείων που απαιτούνται κατά την ανάλυση των δειγμάτων νερού. Μεταξύ των αναλυτικών τεχνικών που εφαρμόζονται περιλαμβάνονται η αυτόματη φωτομετρική ανάλυση, η ιοντική χρωματογραφία, η αέρια χρωματογραφία με ανιχνευτές μάζας, ECD και FID, η υγρή χρωματογραφία HPLC, η φασματοσκοπία πλάσματος με ανιχνευτή εκπομπής, real time PCR, έλεγχος τοξικότητας με οργανισμούς Daphnia και η μέθοδος ELISA.
Σημειώνεται ότι στα εργαστήρια ελέγχου ποιότητας νερού της ΕΥΔΑΠ πραγματοποιούνται περίπου 120.000 μετρήσεις ετησίως.